Các khu rừng núi phía tây rất đa dạng về chủng loài, với một số loài đặc hữu như Chamaecyparis formosensis và Abies kawakamii, trong khi long não (Cinnamomum camphora) từng phát triển rộng rãi tại các vùng đất thấp (nay phần lớn đã bị khai phá để làm đất nông nghiệp). Trước khi Đài Loan đạt được thành công lớn về kinh tế, các khu vực đồi núi có một số loài và phân loài động vật đặc hữu, như gà lôi Swinhoe (Lophura swinhoii), Ác là xanh Đài Loan (Urocissa caerulea), gấu đen Đài Loan (Selanarctos thibetanus formosanus), hươu sao Đài Loan (Cervus nippon taiwanensis hay Cervus nippon taiouanus) và cá hồi Đài Loan (Oncorhynchus masou formosanus). Một số loài trong số đó nay đã tuyệt chủng, và một số loài khác được coi là loài nguy cấp.

Bảy vườn quốc gia tại Đài Loan có địa hình và hệ động thực vật đa dạng. Vườn quốc gia Khẩn Đinh ở mũi phía nam của Đài Loan có các rạn san hô được thúc đẩy kiến tạo, rừng nhiệt đới lá rộng và hệ sinh thái hải dương. Vườn quốc gia Ngọc Sơn có địa hình núi cao, các loại rừng khác nhau theo độ cao, và còn lại những con đường cổ xưa. Vườn quốc gia Dương Minh Sơn có địa chất núi lửa cùng các suối nước nóng, thác nước và rừng cây. Vườn quốc gia Taroko có các hẻm núi, vách núi và khe núi có đá cẩm thạch. Vườn quốc gia Tuyết Bá có hệ sinh thái núi cao và các thung lũng suối. Vườn quốc gia Kim Môn có các hồ nước, đất ngập nước, địa hình ven biển. Vườn Hải dương Quốc gia Đông Sa có các đảo san hô vòng còn nguyên vẹn, một hệ sinh thái biển độc đáo, có sự đa dạng sinh học, và là một môi trường sống quan trọng.[14]